Bauschäden an Breitbandkabeln und Probleme mit dem Check-in und Boarding der Lufthansa haben dazu geführt, dass am Frankfurter Flughafen mehr als 200 Flüge gestrichen wurden.
In aller Welt mussten Tausende von Passagieren ihre Flüge stornieren oder verspätet antreten.
Bei Bauarbeiten an einer Bahnstrecke sei versehentlich ein Kabelbündel durchtrennt worden, teilte das Unternehmen am Dienstag in Frankfurt mit.
Kunden, die mit Inlandsflügen unterwegs sind, werden aufgefordert, Bahntickets zu kaufen.
Kunden können auf der Website des Unternehmens Rückerstattungen beantragen, und das Unternehmen erwartet, dass sich die Lage bis zum Abend beruhigt.
Lufthansa twitterte: "Wir arbeiten an einer schnellen Lösung.
Nach Angaben der Flugverfolgungs-Website FlightAware haben sich auch mehr als hundert Flüge verspätet.
In den sozialen Medien beschwerten sich einige Reisende, dass die deutsche Fluggesellschaft die digitale Gepäckabfertigung eingestellt und stattdessen dazu übergegangen sei, das Boarding mit Stift und Papier zu organisieren.
Ein Reisender behauptete auf Twitter, dass das Frankfurter Flughafenpersonal nur Reisenden geholfen habe, die manuell eingecheckt hätten.
Andere beschwerten sich, dass sie keine Hilfe von der Fluggesellschaft erhalten hätten und nicht wüssten, wie sie ihre Rückerstattung erhalten könnten.
"Lufthansa bittet die betroffenen Reisenden, den Status ihres Fluges auf der App oder der Website der Fluggesellschaft zu überprüfen, bevor sie sich am Flughafen einfinden. Bis Sonntag können Reisende mit Inlandsflügen auf die Deutsche Bahn umsteigen, heißt es in einer Mitteilung der Fluggesellschaft.
Ein Unternehmenssprecher sagte weiter: "Wir bedauern die Unannehmlichkeiten, die unseren Passagieren dadurch entstehen.
Frankfurt, der verkehrsreichste Flughafen in Deutschland, musste Flüge umleiten, aber das Problem betraf Flüge in der ganzen Welt.
Die Störung wurde nach Angaben der Lufthansa und der Deutschen Bahn durch einen Bohrer verursacht, der ein Bündel von Glasfaserkabeln der Deutschen Telekom durchtrennte.
Das führte dazu, dass das Boarding- und Passagierabfertigungssystem der Lufthansa am Mittwoch ausfiel, was die deutsche Flugsicherung dazu zwang, ankommende Flüge anzuhalten.
Die Flüge wurden inzwischen wieder aufgenommen, und seit Mittwochmittag gab es am Frankfurter Flughafen etwa 40 Landungen pro Stunde, was nach Angaben der Deutschen Flugsicherung (DFS) einem fast normalen Verkehr entspricht.
In einer Erklärung sagte die Deutsche Telekom: "Unser technisches Team hat bereits über Nacht zwei Leitungen repariert und viele Kunden sind nun wieder online. "
Außerdem wollen die deutschen Flughafenmitarbeiter am Freitag wegen einer Gehaltsfrage die Arbeit niederlegen.
Inlandsflüge wurden im vergangenen Monat in den gesamten USA gestoppt, weil ein Auftragnehmer Dateien von einem wichtigen Pilotencomputer-Server gelöscht hatte.
Nachdem das Notam-System (Notice to Air Missions) am 11. Januar ausgefallen war, wurden mehr als 11.000 Flüge verspätet und mindestens 1.300 gestrichen.
