Ha parlato in Ghana a un incontro del Consiglio consultivo anglicano a livello mondiale.
Fa seguito alle riforme ecclesiastiche che sanciscono l'ingresso di coppie dello stesso sesso nelle unioni civili.
La modifica è stata apportata in seguito a una mozione approvata questo mese dall'organo legislativo della Chiesa, il Sinodo generale, che manterrà la sua posizione contro i matrimoni gay e continuerà a vietare le unioni tra persone dello stesso sesso nelle chiese.
Secondo il Telegraph, Welby si è opposto a ulteriori modifiche allo status del matrimonio omosessuale durante un incontro con i parlamentari alla Camera dei Comuni il mese scorso.
La giornalista Sandi Toksvig ha detto che un incontro con l'arcivescovo il mese scorso è stato "molto deludente" prima delle modifiche.
La Toksvig, nota sostenitrice dei diritti LGBT ma non membro della Chiesa, ha dichiarato alla BBC di aver parlato perché credeva che il messaggio dei vescovi avesse un impatto che andava ben oltre la Chiesa.
Anche se molti progressisti avevano sperato in un maggiore cambiamento nella Chiesa, alcuni conservatori hanno trovato i cambiamenti intollerabili.
Durante il discorso presidenziale di domenica, Mr. Welby ha affermato che "molti" membri del Sinodo generale hanno "ignorato" le sue preoccupazioni riguardo alle recenti riforme.
Ha informato i presenti che "le regole sulla sessualità nella Chiesa d'Inghilterra" sono state messe in discussione come "risultato" del crescente ateismo nel Regno Unito. Secondo l'arcivescovo, "l'individualismo" ha "quasi eliminato" i valori cristiani di "comunità e responsabilità reciproca" nel nord del mondo.
La varietà di punti di vista che Justin Welby sta cercando di tenere insieme è evidente nelle sue osservazioni fatte in Ghana.
Stava parlando a un gruppo di anglicani provenienti da varie nazioni, alcune delle quali hanno adottato una legislazione contro l'omosessualità.
Un nuovo disegno di legge anti-LGBT è attualmente in discussione nel parlamento del Ghana. La decisione della Chiesa d'Inghilterra della scorsa settimana di permettere preghiere di benedizione per le coppie omosessuali è in conflitto con l'interpretazione della Bibbia da parte di molti partecipanti all'incontro di Accra.
Tuttavia, l'opposizione della Chiesa d'Inghilterra alle coppie gay che si sposano in chiesa è vista da molti come oppressiva e non al passo con la cultura occidentale.
Questa coppia di posizioni è tenuta insieme dall'arcivescovo di Canterbury.
È vero che i parlamentari hanno avuto conversazioni su potenziali passi per fare pressione sulla Chiesa affinché approvi i matrimoni omosessuali, ma è discutibile che egli sia effettivamente "minacciato di azione parlamentare".
Tuttavia, al momento non ci sono indicazioni che il governo sosterrebbe questa azione e il conseguente conflitto con la Chiesa d'Inghilterra.
Ha avvertito la folla che un numero crescente di atei, o "nones", rappresenta un "pericolo".
Ha chiarito: "Non intendo N-U-N-s". Con questo intendo le persone che rispondono "Nessuno" quando vengono interrogate sulla loro appartenenza religiosa". Non credo", ha dichiarato.
"Il risultato è ovvio. Nelle ultime settimane ho parlato della nostra interdipendenza con tutti i cristiani, non solo con gli anglicani, in particolare con quelli del sud globale con altre maggioranze di fede, come parte delle nostre discussioni sulla sessualità e sulle regole che circondano la sessualità nella Chiesa d'Inghilterra".
"Di conseguenza, ho ricevuto due convocazioni alla Camera dei Comuni e sono stato minacciato di intraprendere un'azione parlamentare per imporre il cosiddetto matrimonio egualitario in Inghilterra".
"Molti, non tutti, ma molti membri del Sinodo generale respingono le mie preoccupazioni quando discuto di come le azioni della Chiesa d'Inghilterra influenzeranno gli anglicani di tutto il mondo". Anche il suicidio assistito e i movimenti verso una maggiore autonomia corporea sono stati criticati dall'arcivescovo, che ha affermato che "il controllo personale sui nostri corpi ha sostituito la moralità e la fede cristiana".
"Rispetto a dove eravamo 30 anni fa, la nostra cultura è completamente cambiata nel mondo finanziariamente più prospero".
"La nascita di bambini progettati geneticamente non è lontana", ha affermato.
"E molte persone pensano che abbiamo il diritto di scegliere come e quando morire". "
Membro di spicco della Camera dei Lord, l'arcivescovo di Canterbury ha presieduto le discussioni in quella sede.
Durante il suo discorso, Welby ha menzionato George Carey, ex arcivescovo di Canterbury, e il suo sostegno al suicidio assistito a Westminster.
Nella Camera dei Lord, ha affermato che il suo predecessore aveva "parlato con forza a favore del suicidio assistito nelle Camere del Parlamento"."
Ha anche parlato di una nuova morale creata per "i potenti, i ricchi e le persone intellettualmente ben istruite".
È una morale che rifiuta l'idea della fallibilità e della peccaminosità umana.
Non ha uno sguardo verso la riconciliazione o la speranza.
"La Chiesa si trova ad affrontare sfide in questo campo.
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